傅立葉紅外光譜儀不能正常工作時，可先啟動儀器自診斷功能，檢查儀器某些器件工作狀況，或者根據儀器的異常現象，參照儀器使用說明書進行排查。
若發現是傅立葉紅外光譜儀硬件損壞，應請專業維修工程師來現場處理，若無法查出故障原因，也應及早與維修工程師溝通，及時傳遞儀器的故障信息。下面為一些常見故障及排査方法：
故障：干涉圖能量低，導致信噪比不理想。
可能原因：
1、光路準直未調節好或非智能紅外附件位置未調整到正確位置；
2、紅外光源已損壞或能量已衰竭；
3、檢測器已損壞或MCT檢測器無液氮；
4、分束器損壞；
5、各種紅外反射鏡或紅外附件的鏡面太臟；
6、光闌孔徑太小或信號增益倍數太小；
7、圓光路中有衰減器。
排除方法：
1、啟動光路自動準直程序，如果正在使用非智能紅外附件，則還需要人工準直；
2、更換紅外光源；
3、請維修工程師檢查，必要時更換檢測器，檢測器損壞很有可能是由于受潮引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，對于MCT檢測器可添加液氮再重新檢查；
4、請維修工程師檢查，必要時更換分束器（分束器損壞很可能是由于受潮引起或更換時碰撞產生裂痕引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，從傅立葉紅外光譜儀上取出或裝入時一定要非常小心）；
5、請維修工程師清洗；
6、重新設置光闌孔徑或信號增益倍數，使之處于適當值；
7、取下光路中的衰減器。
